El nombre de Alborea procede del árabe "AL-BURAYAT" (La Torrecilla), término que hacía referencia a una torre musulmana que tal vez fue construida para vigilar la vía de comunicación que comunicaba los llanos de Albacete con el levante peninsular vía Requena, restos que se conservan cerca de la población; sobre el emplazamiento original de la torre se piensa que estuvo situada junto a la iglesia de la Natividad, acaso en el emplazamiento que ocupa el campanario actual.
El origen del pueblo es posterior a esta época, y está vinculado al proceso de la Reconquista y a sus efectos repobladores, aunque existen vestigios de yacimientos arqueológicos posiblemente prehistóricos y el testimonio de un hermoso puente romano, que todavía se conserva en muy buen estado.
Es el rey Alfonso VIII quien ocupó, repobló y ordenó jurídicamente estas tierras de Alborea a partir de 1211, según el fuero de Cuenca, a cuyo obispado lo vinculó. Pero la debilidad de este proceso repoblador propició la pérdida de nuevo de estas tierras en manos de los musulmanes, teniendo que volver el monarca a recuperarlas en 1213, agregándolas a las circunscripción de Cuenca y poniéndolas en manos de varios caballeros. Alborea quedó convertida tras su conquista y repoblación en una pequeña aldea dependiente del concejo de Alarcón, y la riqueza del lugar vinculada al Señorío de Gonzalo Ruiz de Atieza, a quién se le encomendó la defensa de este sector situado al sur del Obispado de Cuenca y al norte de Júcar albacetense.
En 1226, por un privilegio de Alfonso X, se configuró el concejo de Jorquera, agregándose al mismo la aldea de Alborea. Y con posterioridad pasó a integrarse en el gran conjunto del Señorío de Villena, convirtiéndose la aldea de Alborea en lugar de la Villa de Jorquera. Estuvo bajo su dominio hasta el siglo XIX en el que alcanzó su autonomía municipal, estando su destino vinculado a la agitada y conflictiva gobernación de algunos de los marqueses de este Señorío.
A fines del siglo XIV Alborea pasa a la Corona de Castilla con Enrique III, y a mediados del XV a don Juan de Pacheco, perdiendo éste la mayor parte del Marquesado al defender la causa de doña Juana. La aldea de Alborea no pasó a la Corona y siguió de Señorío, hasta la abolición en el siglo XX, viviendo sujeta a un proceso de señorización que se acentuó durante la Edad Moderna y principalmente durante el siglo XVII.
En 1586 Felipe II decidió dividir la provincia del Marquesado, y Alborea pasa a pertenecer al Corregimiento de San Clemente, y en las Relaciones Topográficas de Felipe II, de 1 de Marzo de 1597, se indica que pertenece a la villa de Jorquera. A partir de 1643 se hicieron repartimientos a petición de la hacienda de San Clemente para sufragar las guerras de Cataluña.
En el siglo XVIII Alborea sigue siendo lugar de Señorío, sin término, perteneciendo a la Villa de Jorquera y al partido de Cuenca. El primer tercio del siglo es extremadamente cruel para Alborea debido a la guerra de Sucesión. A partir de la segunda mitad, la autoridad señorial se resquebraja y son frecuentes los enfrentamientos entre la aldea de Alborea y las autoridades del Estado de Jorquera, al tiempo que se produce una recuperación demográfica y económica.
Las primeras décadas del siglo XIX no fueron fáciles para la Alborea que tuvo que sufrir, como el resto del país, la guerra de la Independencia y muy especialmente los saqueos de los franceses que expoliaron parte de su templo. Con posterioridad sufrió las acometidas de los carlistas que en más de una ocasión saquearon la localidad. Y en el primer tercio de este siglo, Alborea se convierte en Villa, constituyéndose el primer Ayuntamiento constitucional.
Ya en el siglo XX, tres son los acontecimientos que van a influir de una forma especial en el pueblo: la Guerra Civil, que va a perturbar la secular y resignada convivencia entre sus vecino, la emigración de sus gentes durante las décadas del 50, 60 y 70,y la transición a la democracia, que va a proporcionar la recuperación de las libertades y la convivencia perdida y a dotar de los servicios necesarios a la población de Alborea.